Review Jurnal Mengenai Penerapan SIG

GIS and RS based Assessment of Cultivated Land Quality of Shandong Province
Penulis : Zhen Wang, Liming Wang, Ruina Xu, Haitao Huang, Fang Wu

Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk menilai kualitas lahan budidaya di provinsi Shandong melalui Remote Sensing (RS) dan Geographic Informatic System (GIS). Fokus utama dalam penilaian tersebut apakah terjadi penurunan kualitas lahan budidaya dari tahun 2000 hingga tahun 2005.
Metode penelitian yaitu dengan studi wilayah provinsi Shandong dan informasi diperoleh dari citra satelit MODIS serta penggunaan model Pressure-State-Response (PSR) untuk menyusun dan mengklasifikasikan informasi.
Kesimpulan dari penelitian pada jurnal ini adalah sebagai berikut:
1) Kualitas lahan pertanian di Provinsi Shandong menurun dari barat daya ke timur laut secara keseluruhan;
2) Secara keseluruhan kualitas lahan pertanian di Provinsi Shandong sedikit menurun dari tahun 2000 sampai 2005;
3) Kualitas lahan budidaya di beberapa daerah rendah. Dengan kondisi geografis, suhu cahaya yang sesuai, tingkat kesuburan tanah dan kelembaban tanah yang tinggi, lahan budidaya di Heze, tertinggal dari rata-rata, menunjukkan rendahnya efisiensi pemanfaatan dan potensi pengembangan yang tinggi;
4) kualitas lahan budidaya dan ekonomi tingkat pembangunan tidak konsisten di beberapa daerah di Provinsi Shandong.
Menurut saya, secara keseluruhan isi jurnal sudah sesuai dengan judul jurnal yang membahas tentang penilaian lahan budidaya di provinsi Shandong. Konten dalam jurnal sangat informatif yang ditampilkan dalam tabel dan gambar mengenai potensi lahan budidaya di provinsi Shandong.
Kelebihan   : penggunaan tabel dan gambar peta hasil analisis SIG sehingga memudahkan pembaca                         dalam memahami isi jurnal.
Kelemahan : data tentang kualitas lahan budidaya tidak ditampilkan secara rinci untuk beberapa                               daerah di provinsi Shandong.

Daftar Pustaka
Wang, Z., L. Wang, R. Xu, H. Huang and Fang Wu. 2012. GIS and RS based Assessment of Cultivated Land Quality of Shandong Province. Procedia Environmental Sciences 12:823 – 830.
Link : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1878029612003556


Bacillus amyloliquefaciens

Bacillus amyloliquefaciens strain BNS2 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
1 cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc ggacagatgg 61 gagcttgctc cctgatgtta gcggcggacg ggtgagtaac acgtgggtaa cctgcctgta 121 agactgggat aactccggga aaccggggct aataccggat ggttgtttga accgcatggt 181 tcagacataa aaggtggctt cggctaccac ttacagatgg acccgcggcg cattagctag 241 ttggtgaggt aacggctcac caaggcaacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgatcggc 301 cacactggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttccg 361 caatggacga aagtctgacg gagcaacgcc gcgtgagtga tgaaggtttt cggatcgtaa 421 agctctgttg ttagggaaga acaagtgccg ttcaaatagg gcggcacctt gacggtacct 481 aaccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg 541 ttgtccggaa ttattgggcg taaagggctc gcaggcggtt tcttaagtct gatgtgaaag 601 cccccggctc aaccggggag ggtcattgga aactggggaa cttgagtgca gaagaggaga 661 gtggaattcc acgtgtagcg gtgaaatgcg tagagatgtg gaggaacacc agtggcgaag 721 gcgactctct ggtctgtaac tgacgctgag gagcgaaagc gtggggagcg aacaggatta 781 gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat gagtgctaag tgttaggggg tttccgcccc 841 ttagtgctgc agctaacgca ttaagcactc cgcctgggga gtacggtcgc aagactgaaa 901 ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa 961 cgcgaagaac cttaccaggt cttgacatcc tctgacaatc ctagagatag gacgtcccct 1021 tcgggggcag agtgacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg 1081 ttaagtcccg caacgagcgc aacccttgat cttagttgcc agcattcagt tgggcactct 1141 aaggtgactg ccggtgacaa accggaggaa ggtggggatg acgtcaaatc atcatgcccc 1201 ttatgacctg ggctacacac gtgctacaat ggacagaaca aagggcagcg aaaccgcgag 1261 gttaagccaa tcccacaaat ctgttctcag ttcggatcgc agtctgcaac tcgactgcgt 1321 gaagctggaa tcgctagtaa tcgcggatca gcatgccgcg gtgaatacgt tcccgggcct 1381 tgtacacacc gcccgtcaca ccacgagagt ttgtaacacc cgaagtcggt gaggtaacct 1441 tttaggagcc agccgccgaa ggtgggacag atgattgggg tgaagtcgta acaa //

        Berdasarkan hasil squencing kode accession KU681451.1 dengan kemiripan homolog 99 % didapatkan bakteri Bacillus amyloliquefaciens strain BNS2 16S. Bakteri ini mampu menghasilkan enzim amilase untuk komersil. Enzim amilase ini berasal dari bakteri Bacillus amyloliquefaciens yang telah dikultur. Enzim Amilase bakteri umumnya lebih disukai pengolahan pati di antara bakteri, spesies Bacillus seperti B. subtilis, B. stearothermophilus, B. macerans, B. megaterium dan B. amyloliquefaciens adalah produsen terbaik a-amilase termostabil menggunakan fermentasi terendam dan ini telah banyak digunakan untuk produksi komersial enzim untuk berbagai aplikasi (1). Dalam hal ini, amilase (terutama yang termostabil) merupakan kelas enzim yang sangat diminati dan tinggi permintaan karena banyaknya kelebihan yang mereka tawarkan. Bioteknologi Amilase memiliki beragam macam aplikasi itu signifikan di berbagai bidang, seperti klinis, medis, dan kimia analitik dan juga di bidang tekstil, makanan, fermentasi, kertas, penyulingan, dan industri pembuatan birKeuntungan dari menggunakan amilase termostabil dalam proses industri meliputi penurunan risiko kontaminasi, biaya eksternal pendinginan dan tingkat difusi meningkat (2).
B. amyloliquefaciens mampu tumbuh dan berkembang pada tanah terutama pada tanah di indonesia. Bakteri ini diujikan dengan ditumbuhkan pada tanaman ginseng, ginseng menjadi tumbuh dan diikuti dengan pertumbuhan B. Amyloliquefaciens pada akar ginseng.  Pola tanam ginseng diperlukan untuk bertahan hidup dan berdirinya dalam kondisi lapangan Populasi B. amyloliquefaciens HK34 lahan di Indonesia menunjukkan potensi isolat ini tumbuh dan berkembang biak pada jenis tanah yang berbeda. Studi kolonisasi akar menggunakan tanaman ginseng tumbuh menunjukkan kemampuan B. amyloliquefaciens HK34 untuk terbentuk di akar ginseng (3). Penerapan mikroorganisme antagonis alami untuk pengendalian penyakit hayati pascapanen telah muncul sebagai alternatif untuk fungisida sintetis dan banyak mikroba antagonis telah diidentifikasi dan berhasil dikomersilkan ke seluruh dunia. Diantaranya, strain bakteri sebagai agen biokontrol yang efektif (BCA) untuk mengendalikan banyak penyakit tanaman yaitu bakteri strain bacillus mewakili sekitar setengah dari produk biokontrol yang tersedia secara komersial di Indonesia dan dunia (4). Bacillus amyloliquefaciens termasuk dalam rhizobacteria. Rhizobakteria adalah sejenis bakteri yang hidup di sekitar perakaran tanaman yang bisa dimanfaatkan salah satunya untuk pembuatan PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobakteri). Bacillus amyloliquefaciens subspesies plantrum FZB42 adalah jenis dari rhizobacteria yang ampuh dalam aktivitas pertumbuhan tanaman dan aktivitas biokontrol (5).



Daftar Pustaka

1.     Abd-Elhalem BT, El-Sawy M, Gamal RF, Abou-Taleb KA. Production of amylases from Bacillus amyloliquefaciens under submerged fermentation using some agro-industrial by-products. Ann Agric Sci [Internet]. 2015;60(2):193–202. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.aoas.2015.06.001

2.      Narendra Kumar P, Swapna TH, Khan MY, Reddy G, Hameeda B. Statistical optimization of antifungal iturin A production from Bacillus amyloliquefaciens RHNK22 using agro-industrial wastes. Saudi J Biol Sci [Internet]. 2017;24(7):1722–40. Available from: https://doi.org/10.1016/j.sjbs.2015.09.014

3.      Lee BD, Dutta S, Ryu H, Yoo SJ, Suh DS, Park K. Induction of systemic resistance in panax ginseng against phytophthora cactorum by native bacillus amyloliquefaciens HK34. J Ginseng Res [Internet]. 2015;39(3):213–20. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.jgr.2014.12.002

4.       SUN P, CUI J, JIA X, WANG W. Isolation and Characterization of Bacillus Amyloliquefaciens L-1 for Biocontrol of Pear Ring Rot. Hortic Plant J [Internet]. 2017;3(5):183–9. Available from: http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2468014117302741

5.       Fan B, Li YL, Li L, Peng XJ, Bu C, Wu XQ, et al. Malonylome of the plant growth promoting rhizobacterium with potent biocontrol activity, Bacillus amyloliquefaciens FZB42. Data Br [Internet]. 2017;10:548–50. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2016.12.029








Mengenal Si Ikan Kepala Ular

Ikan Gabus (Channa striata)





Klasifikasi ikan gabus
Kingdom : Animalia
Fillum : Chordata
Kelas : Actinoptergii
Ordo : Perciformes
Famili : Channidae
Genus : Channa
Spesies     : Channa striata
Etimologi: Channa: Yunani, channe, -es = ikan teri.


Lingkungan 
Habitat         : air tawar dan air payau; benthopelagis (Ikan benthopelagic mampu melayang di atas                             air namun memilih hidup dekat dengan dasar laut). 
Kisaran pH : 7.0 - 8.0 
kedalaman : 1 - 10 m biasanya 1 - 2 m 
Migrasi         : potamodromus (ikan yang bertelur di air tawar pada daerah hulu dan bermigrasi 
                          pada air tawar daerah hilir dan kembali lagi ke daerah hulu)
Tropis : suhu berkisar 23°C - 27°C

Persebaran
Persebaran pada benua Asia meliputi Sri lanka, Cina selatan dan sebagian besar Asia tenggara seperti Indonesia dan Thailand. Pada negara tertentu, ikan ini merugikan karena dianggap sebagai hama yang memakan ikan lain.
Morfologi
Warna tubuh        : permukaan dan sisi dorsal gelap dan berbintik-bintik dengan kombinasi
                              hitam dan orange, dan putih di perut;
Bentuk tubuh      : body sub-silinder; 
Bentuk kepala     : kepala besar mirip kepala ular; 
Bentuk mulut     : mulut yang sangat menganga besar dan bergigi; 
Bentu sirip ekor  : bulat (rounded).
Duri punggung : 0; Sirip punggung lunak: 38-43; Duri dubur: 0; Sirip lunak anal: 23 - 27; 

Habitat 
Ikan gabus dewasa menghuni kolam, rawa, kanal dan sungai, lebih menyukai tempat yang relatif dalam (1-2 meter) dengan substrat dasar berlumpur. Bentuk adaptasi musim kemarau dengan menggali di lumpur bawah danau, kanal dan rawa dengan pernapasan lembab dan hidup pada lemak yang tersimpan. Makanan dari ikan gabus berupa ikan, katak, serangga, cacing tanah, berudu dan krustasea.

Perkembangbiakan
Ikan gabus dapat memijah di selokan, kolam dan sawah banjir. Anakan ikan ini hidup di permukaan dan dijaga oleh induk jantan yang bersembunyi di bawah permukaan air. Cara memijahnya dengan ikan jantan menekuk tubuhnya yang dekat dengan betina, sperma dilepaskan setelah pelepasan telur.

Manfaat
Diketahui bahwa ikan ini sangat kaya akan albumin, salah satu jenis protein penting. Albumin berperan dalam proses penyembuhan luka-luka dan meningkatkan kadar albumin dalam darah serta membantu penyembuhan beberapa penyakit. Ikan ini diproses menjadi pra-hoc, mam-ruot, dan mam-ca-loc (varietas pasta ikan) di Kamboja. Daging putihnya biasa dijadikan untuk sup.



Daftar pustaka

“Ikan Gabus.” Wikipedia Indonesia. Web. https://id.wikipedia.org/wiki/Ikan_gabus. Dikutip 8 November 2017.

“Channa striata (bloch, 1793)”. Fish Base. Web. http://www.fishbase.org/summary/Channa-striata. Dikutip 8 November 2017

Bakteri Aeromonas Hydrophila

Bakteri Aeromonas Hydrophila


    Berkembangnya teknologi bersama deskripsi kontinu mengenai taksonomi menyebabkan reklasifikasi sering terjadi pada taksonomi bakteri seperti pada penelitian menunjukkan bahwa Aeromonas hydrophila subspesies anaerogen termasuk dalam spesies Aeromonas caviae bukan Aeromonas hydrophila. Aeromonas hydrophila termasuk bakteri patogen yang sering menyerang pada organisme aquatik. Bakteri ini tidak hanya menyerang pada organisme akuatik saja, hewan ternak darat juga bisa melalui saluran pencernaanya seperti di lingkungan pemotongan hewan dan akuakultur di Benin City, Nigeria. Bakteri Aeromonas hydrophila ini sangat merugikan karena dapat menyebabkan organisme yang terserang menjadi sakit bahkan bisa menyebabkan kematian. 
Adapun upaya pencegahan dan penanganan yang dilakukan untuk mengatasi bakteri Aeromonas hydrophila. Salah satu upaya pencegahannya yaitu vaksinasi oral merupakan alternatif pencegahan untuk imunisasi ikan dalam budidaya intensif. Namun, keefektifannya dibatasi oleh kemungkinan vaksin degradasi pada sistem pencernaan ikan. Adapun upaya penanganan setelah terjangkit bakteri yaitu dengan penggunaan antibiotik. Penggunaan antibiotik ini ternyata dapat menyebabkan resistensi antibiotik pada bakteri karena terjadi mutasi gen pada bakteri sehingga bakteri dapat bertahan dari serangan antibiotik. Berdasarkan penelitian, penggunaan antibiotik dapat digantikan oleh magnolol yang merupakan ekstrak dari kulit magnolia officinalis. Magnolol melindungi lele dari infeksi Aeromonas hydrophila dengan menghambat ekspresi aerolysin yang merupakan senyawa racun yang dihasilkan bakteri Aeromonas hydrophila. Penelitian lain menyebutkan bahwa vaksin Omp48 dari protein membran luar Aeromonas hydrophila dapat digunakan sebagai vaksin potensial untuk perlindungan tidak hanya terhadap infeksi Aeromonas hydrophila, namun juga terhadap patogen bakteri lain. 
















Bioinformatika Bidang Aquaculture

Tugas Mata Kuliah Teknologi Informasi
Review Journal 
Dosen Pengampu : Ristiawan Agung Nugroho S.Pi, M.Si

Freshwater Recirculating Aquaculture System Operations Drive Biofilter Bacterial Community Shifts around a Stable Nitrifying Consortium of Ammonia-Oxidizing Archaea and Comammox Nitrospira
By : Ryan P. Bartelme, Sandra L. Mclellan and Ryan J. Newton

          Sistem operasi resirkulasi air tawar sangat bermanfaat untuk kehidupan sehari-hari manusia. Air tawar merupakan unsur penting bagi kehidupan manusia. Manusia memerlukan air tawar untuk kehidupan sehari-hari seperti air minum, untuk mandi, cuci dan kakus (MCK), dan masih banyak lagi manfaat air lainnya. Untuk itu, penggunaan air harus dilakukan secara bijak dan perlu adanya resirkulasi air agar cadangan air  dalam tanah tetap terjaga. Manfaat adanya resirkulasi air ini yaitu mengurangi eksploitasi air tanah yang dapat berdampak buruk bagi kehidupan manusia kedepannya. Dampak yang ditimbulkan yaitu adanya penurunan muka air tanah yang mengakibatkan perembesan air laut ke daratan. Hal ini mengakibatkan kandungan air tanah yang semula air tawar menjadi air payau bahkan bisa menjadi air asin. Kondisi seperti ini menjadikan air tersebut tidak layak untuk dikonsumsi dan dapat mengakibatkan korosi pada benda-benda logam.
Resirkulasi air untuk kegiatan akuakultur juga sangat berguna, sebab air ini merupakan sumber kehidupan bagi kultivan yang dipelihara. Resirkulasi air yang digunakan dengan memanfaatkan bakteri biofilter seperti nitrobacter, nitrosomonas dan nitrospira. Sistem resirkulasi air ini dapat menekan biaya produksi dari penggunaan air untuk budidaya. Sistem ini memproses kotoran ikan, sisa pakan, dan senyawa serta gas beracun hasil efek samping dari kotoran ikan dapat dijebak dalam tangki pengendapan dan filtrasi. Setelah melalui tahapan tersebut, air yang kembali kedalam kolam, kandungan kotoran dan kandungan senyawa berbahaya sudah hilang, paling tidak berkurang. Proses ini mengakibatkan air yang kembali kekolam tetap stabil dan sehat, sehingga bakteri pathogen tidak berkembang, kesehatan dan daya tahan ikan terjaga, nafsu makan ikan tidak menurun, sehingga pertumbuhan ikan tidak terhambat dan tingkat kematian dapat diminimalisir. Kemampuan untuk menguasai sistem resirkulasi air ini sangat diperlukan untuk seseorang akuakulturist guna mengelola air sebagai media tempat budidaya ikan tersebut berlangsung.